שמה של העיר הוא חוֹלוֹן – בשתי תנועות o. מקורו בשמה של עיר בנחלת שבט יהודה הנזכרת בספר יהושע, למשל: "וְלִבְנֵי אַהֲרֹן הַכֹּהֵן נָתְנוּ… וְאֶת חֹלֹן וְאֶת מִגְרָשֶׁהָ" (כא, יג–טו). שם עתיק זה ניתן לעיר השוכנת מדרום לתל־אביב שנבנתה על שטח של חוֹלוֹת נודדים.
שם זה דומה לשם העיר רַמְלָה, שם ערבי הגזור מן רַמְל, חול בערבית.