מקורו של השם מרדכי בשם האל מַרדוּך – האל הראשי של בבל. בתנ"ך האל הזה נקרא מְרֹ(א)דַךְ והוא מכונה בֵּל (צורתה האכדית של המילה בַּעַל – 'אדון'): "אִמְרוּ: נִלְכְּדָה בָבֶל – הֹבִישׁ בֵּל, חַת מְרֹדָךְ; הֹבִישׁוּ עֲצַבֶּיהָ, חַתּוּ גִּלּוּלֶיהָ" (ירמיהו נ, ב).
ואומנם ניקוד השם מרדכי בכתבי היד הטובים ביותר של התנ"ך (כגון כתב יד לנינגרד) משמר את גוֹן התנועה u שבשם האל מַרדוּך. הדל"ת מנוקדת בחטף קמץ: מָרְדֳּכַי (ההגייה: mordokhay), וכידוע התנועות o ו־u קרובות זו לזו. זאת גם מסורת הקריאה של בני תימן במגילה.
עם זאת בדפוסי תנ"ך רבים ובדפוסי חומשים מצויים שנדפסות בהם גם חמש המגילות השם מנוקד מָרְדְּכַי בשווא בדל"ת, וניקוד זה עולה בקנה אחד עם מסורת הקריאה הרווחת ברוב קהילות ישראל – אשכנזים וספרדים כאחד.