לקראת יום הכיפורים וביום הכיפורים עצמו יש המאחלים חתימה טובה ויש המאחלים גמר חתימה טובה. ההבדל בין האיחולים האלה הוא בעיקר הבדל של מסורות: אצל יוצאי עדות המזרח מקובלת יותר ברכת "חתימה טובה", ואצל רוב יוצאי אשכנז – "גמר חתימה טובה" (ובראשי תיבות גמח"ט או גח"ט) או "גמר טוב".
יש המקפידים לאחל "חתימה טובה" עד יום הכיפורים, ומיום הכיפורים ועד הושענא רבה מאחלים "גמר חתימה טובה". ברשימה ברכות וביטויי נימוס של ועד הלשון משנת תרפ"ח (1928) יש תימוכין לכך. מנהג זה, שהוא אולי המקור לעצם האיחול "גמר חתימה טובה", מתבסס על התפיסה הקבלית שלפיה החתימה הסופית של הדין נעשית בהושענא רבה.
לשואלים מדוע 'גמר חתימה טובה' ולא 'גמר חתימה טוב' נענה כי סדר ההצטרפות הוא גמר + [חתימה טובה], כלומר שם התואר מתאר את החתימה.
תוספת
בפי יהודי תימן נוהגים בימים הנוראים מטבעות ברכה אחרים. בערב ראש השנה מברך איש את רעהו תִּכָּתֵב בְּסֵפֶר הַחַיִּים וּבְסֵפֶר הַזִּכָּרוֹן. את האישה מברכים תִּכָּתֵבִי וכו', ואת הרבים תִּכָּתֵבוּ וכו'. המתברך עונה: וְאַתָּה תיכתב וכו'. ברכה זו נשמעת והולכת מפיהם עד מוצאי יום הכיפורים. במוצאי הצום נוהגים לברך תְּבֻשָּׂר (או תְּבֻשָּׂרִי, תְּבֻשָּׂרוּ) בִּמְחִילָה וּסְלִיחָה וְכַפָּרָה. והמתברך משיב כנגד המברך וְאַתָּה תבושר וכו'. תינתן הדעת לצורות הפועל המיוחדות: אלו הן צורות הפסק.