ההגייה הרווחת של שם העיר היא כפר סַבָּא (בבי"ת דגושה ובהטעמת ההברה סַ), ואילו ההגייה התקנית, זו הנשמעת בפיהם של קרייני החדשות, היא כפר סָבָא (בבי"ת רפה ובהטעמת ההברה האחרונה – בָא).
העיר כפר סבא שבשרון, שהחלה את דרכה בשנת 1903 כמושבה, נקראת על שם יישוב הנזכר בספרות חז"ל: "מעשה בשקמה של כפר סבא שהיו מחזיקין בה טומאה…" (תוספתא נידה ח, ה; בבלי נידה סא ע"א). המילה סָבָא שבשם הקדום היא מילה ארמית המוטעמת בהברתה האחרונה, ופירושה 'הסב'.
השם אף נזכר בכתביו היווניים של יוסף בן מתתיהו בכתיב Καφαρσαβα – בלא הכפלת האות בטא (β). אילו הייתה הבי"ת דגושה במקור – סביר להניח שהייתה נעתקת ביוונית בהכפלת האות בטא. אם כן הבי"ת בשם העיר כְּפַר סָבָא איננה דגושה, וההטעמה מלרעית (בהברה האחרונה).
להגייה הרווחת כפר סַבָּא (בבי"ת דגושה ובמלעיל) שתי סיבות. האחת – הגייתה המקובלת של המילה סַבָּא (grandfather), והאחרת – שם הכפר הערבי כַּפְר סַאבַּא שבקרבתו הוקמה כפר סבא המודרנית. בערבית אין בי"ת רפה, ואין תמהּ ששם היישוב נשמר בפי הערבים בצורה זו.