כיאה לדמות מקראית כה נערצת, מֹשֶׁה הוא מן השמות הנפוצים בקרב דוברי עברית. על הרמב"ם, ר' משה בן מיימון, דמות נערצת נוספת ומאוחרת בהרבה, נאמרה המליצה "ממשה עד משה לא קם כמשה".
רבים יודעים לצטט מדוע נקרא שמו משה – "וַתִּקְרָא שְׁמוֹ מֹשֶׁה וַתֹּאמֶר כִּי מִן הַמַּיִם מְשִׁיתִהוּ" (שמות ב, י). לפי זה משה נקרא כך משום שנִמְשָׁה מן המים, כלומר הוּצא או נמשך מהם. השורש מש"י אומנם נדיר במקרא ונזכר רק פעמיים נוספות בשני פסוקים זהים: "יִשְׁלַח מִמָּרוֹם יִקָּחֵנִי יַמְשֵׁנִי מִמַּיִם רַבִּים" (שמואל ב כב, יז; תהלים יח, יז), אך המשמעות ברורה מן ההקשר, וכך גם עולה מן התרגומים הארמיים ומפרשני המקרא.
ברם הסבר זה מעלה שאלה: אם אומנם השורש הוא מש"י ועניינו הוצאה מן המים – מדוע לא נקרא מָשׁוּי בצורת סביל (כמו פָּנוּי וצָפוּי) אלא מֹשֶׁה (היינו מוֹשֶׁה; כמו פּוֹנֶה וצוֹפֶה) בצורת פעיל? תמיהה זו עולה בין היתר בחיבור 'לקח טוב' (מן המאה ה־11): "'מָשׁוּי' היה ראוי לומר, שהרי משה משוי היה!". ותשובתו היא "אלא על שם ישראל שהוא מָשָׁה אותם והוציאם ממצרים… לכך נקרא שמו משה שהוא מָשָׁה אחרים". הפייטנים הקדומים לא ויתרו על הצורה הסבילה, ובלשון הפיוט מכונה משה 'משוי מים' או 'משוי ממים'. מן הסליחות הנאמרות בימים נוראים מוכר הנוסח "עשה למען משוי ממימיך".
כבר בימי קדם הוצע לבקש את השם במצרית ולא בעברית. פילון האלכסנדרוני ויוסף בן־מתתיהו, בני המאה הראשונה לספירה, פירשו את שמו כקשור אל המילה 'מו' במצרית במשמעות 'מים'. ואומנם ייתכן שפרשנות זו רווחה אז בקהילה היהודית־הלניסטית באלכסנדריה. בעת החדשה נזכר הסבר זה בפירושיהם של ר' שמואל דוד לוצאטו (המכונה שד"ל) ור' דוד צבי הופמן, בני המאה ה־19. יש לציין כי על המוצא המצרי הצביע גם ר' אברהם בן עזרא, מפרשני המקרא בימי הביניים. אגב, לאור נדירותן של מילים מן השורש מש"י במקרא הציע שד"ל כי השורש הכללי נגזר משמו של משה בהשפעת סיפור ההצלה מן היאור (ואומנם הוראת השורש המקביל בלשונות שמיות אחרות שונה במקצת).
במחקר המודרני מוסכם כי השם משה קשור אל המילה המצרית ms (בהגייה mesu) בהוראת 'ילד'. לצד זה מקובל לציין כי הרכיב הפועלי msy ('להיוולד') בא בשמות תאופוריים במצרית, כמו בשם רעמסס ('[האל] רע הוליד אותו'). לפי זה יש אף מי שהציע שההסבר למתן השם בא לפני כן – "וַיְהִי לָהּ לְבֵן, וַתִּקְרָא שְׁמוֹ מֹשֶׁה", ואולם בפשטות "כִּי מִן הַמַּיִם מְשִׁיתִהוּ" הוא מדרש שם שניתן לאחר מעשה, כמו במקרים אחרים בתנ"ך. לאור ריבוי האזכורים של המילה "הַיֶּלֶד" בפרשת ההצלה מן היאור היה מי שהציע כי בת פרעה כינתה אותו "משה", היינו 'הילד', ואילו המקרא הטמיע בפסוקים את הצורה המצרית (בשם הפרטי) ואת תרגומה (בהקשר הכללי). כך או כך, גם במחקר יש מי שרואה בשם משה צורת פעיל בעברית הרומזת לעתידו כמשחרר העם וכמוציאו מים סוף, ואולי כך נרמז בישעיהו סג, יא: "וַיִּזְכֹּר יְמֵי עוֹלָם מֹשֶׁה עַמּוֹ, אַיֵּה הַמַּעֲלֵם מִיָּם".
ולסיום חידה חביבה משירת תימן – התצליחו לענות?
רֹאשׁ שְׁמִי בְּתוֹךְ שְׁמִי,
וְתוֹךְ שְׁמִי בְּרֹאשׁ שְׁמִי,
וַחֲצִי אַחֲרִית שְׁמִי בְּאַחֲרִית שְׁמִי.
תִּמְצָא אוֹתִיּוֹת שְׁמִי?