מקור השם נופר בסנסקריט – לשון הודית עתיקה שנכתבה בה ספרות ענפה שהשפיעה גם על תרבויות מחוץ להודו. בלשון זו המילה nīlōtpala מורכבת, ככל הנראה, משני יסודות: nīlu – כחול, utpala – פרח, ובפרט פרח מים, פרח לוטוס. שם הפרח נשאל מסנסקריט לפרסית בצורת nīlūfar, משם לערבית בצורת نينوفر (nīnūfar) ומן הערבית ללטינית של ימי הביניים בצורת nuphar. הצורה הלטינית נשתרשה במדע הבוטניקה בתור שם סוג של צמח מים האופייני לאגמים ולנהרות איטיים, בעל פרחים מוצקים, שצבעם השכיח צהוב דווקא (ולא כחול כמשמעות השם המקורי).
הצמח מכונה בשם זה גם בלשונות שהתפתחו מן הלטינית, כגון איטלקית, ספרדית וצרפתית, וכן באנגלית (לשון ממשפחה גרמנית שהושפעה רבות מן הלטינית ומן הצרפתית). אף בעברית החדשה אומץ שמו המדעי של הפרח. בילקוט צמחים – רשימה של שמות צמחים מן המקורות ומן המהלך בעברית בת הזמן – שהוציא ועד הלשון בשנת תר"ץ (1930) מובאת הצורה נֹפֶר על פי הצעתו של החוקר והמחנך אליהו ספיר. צורה זו היא הסבה של שם הצמח למשקל עברי על דרך כֹּפֶר, גֹּלֶם, צֹרֶךְ. ואולם ברשימת שמות הסוגים שפרסם ועד הלשון בשנת תש"ו נקבעה הצורה הלטינית נוּפָר וזה שם הסוג התקני גם היום.
מעניין ששם הפרח הנאה נופר לא הפך לשם מקובל של אישה בלשונות אירופה – שבהן הוא נוצר בצורתו זו – אלא דווקא בעברית החדשה. הצורה הפרסית נִילוּפָר דווקא משמשת שם אישה באיראן עצמה ובארצות נוספות, בייחוד באסיה התיכונה. אף הצורה הערבית נינופר (נהגה לרוב Nenufar) משמשת לעיתים שם אישה, אך אין זה שם נפוץ. בישראל השם נופר היה שם נפוץ למדי בשנות התשעים.
רבים מדוברי העברית הוגים את השם הזה – את שם הפרח ובעיקר את השם הפרטי – נוֹפָר בחולם במקום נוּפָר בשורוק, כנראה משום שרגילים לראות את המילה כתובה בעברית בלא ניקוד, ואין מכירים את הגייתו ואת כתיבו של השם בלטינית ובלשונות אירופה המודרניות. כמובן בשם פרטי יש מקום להעדפות אישיות, אך כדאי לזכור ששמו הרשמי של הפרח הוא נוּפָר בשורוק – כשמו המדעי.