הצורות נִדּוֹן ונָדוֹן הן כְּפֵלוֹת – כלומר הן צורות שונות של אותו השורש באותו בניין: שורש די"ן (דו"ן) בבניין נפעל. ההבדל ביניהן נובע מהבדל שיש בין רובדי הלשון של העברית.
בתנ"ך אנו מוצאים את הצורה נָדוֹן בפסוק אחד בספר שמואל: "וַיְהִי כָל הָעָם נָדוֹן בְּכָל שִׁבְטֵי יִשְׂרָאֵל לֵאמֹר…" (שמואל ב יט, י). צורות מגזרת עו"י בבניין נפעל שהנו"ן בהן באה בקמץ מוכרות מפעלים מקראיים נוספים כגון נָסוֹג, נָמוֹג, נָבוֹךְ, נָפוֹץ ומשמות תואר כגון נָאוֹר, נָבוֹן, נָלוֹז.
לעומת זאת בספרות חז"ל הדרך הרגילה היא בחיריק ובדגש – בייחוד בפעלים שנוצרו ברובד לשון זה: נִזּוֹן, נִצּוֹד ועוד, ורווחת בספרות חז"ל הצורה נִדּוֹן. לצורות בדגם הזה יש יסוד במסורת הניקוד של התנ"ך: נִמּוֹל וכך גם נֵעוֹר (בתשלום דגש). סביר שדגם זה נוצר בהשפעת צורות העתיד (יִדּון, יִמּוג), וייתכן שהייתה השפעה גם לחיריק שיש בנו"ן בבניין נפעל בגזרת השלמים (נִכנס, נִשמר).
נחזור לצורות נידון ונדון: כאמור בספרות חז"ל רווחת הצורה נִדּוֹן, אך לצידה באה לעיתים הצורה נָדוֹן. היו שטענו שהצורות משמשות בלשון חז"ל בבידול משמעות: נידון הוא מי שדנים אותו במשפט ואילו נדון הוא נושא או עניין שדנים בו. אך חוקרי הלשון הראו שאין לכך יסוד וששתי הצורות עשויות לשמש בשתי המשמעויות (חוקר הלשון גדעון הנמן הצביע על הבחנה אחרת בלשון חז"ל: צורות בחיריק ודגש משמשות בעיקר בתפקיד פועל וצורות בקמץ בעיקר בתפקיד שם תואר).
בכללי נטיית הפועל בגזרת עו"י שקבעה האקדמיה מובאת רשימת הפעלים שנוטים על פי הדגם של לשון חז"ל: נִזּוֹן, נִלּוֹשׁ, נִמּוֹל, נִצּוֹד, נֵעוֹר, נֵאוֹת, וכן נִדּוֹן לצד נָדוֹן.
בימינו מקובל לנקוט את הצורה נידון בהקשר של גזר דין, כגון 'הנידון למוות', 'הנאשם נידון לשלושה חודשי מאסר'. לעומת זאת בציון הנושא במכתבים רשמיים מקובלות שתי הצורות: הנידון וגם הנדון. יש המעדיפים להבחין בין המשמעויות ולנקוט במכתבים הנדון. אחרים ממליצים דווקא על שימוש בצורה נידון בכל ההקשרים, משום שצורה זו היא הרווחת יותר בספרות חז"ל.
קיצורו של דבר: שתי הצורות נדון ונידון תקניות בכל המשמעויות. דרך השימוש בהן היא עניין לסגנונם ולטעמם של הדוברים והכותבים.