לשם הצמח שיפון שתי מסורות הגייה בפי דוברי העברית: בפ"א רפה – שִׁיפוֹן, ובפ"א דגושה – שִׁפּוֹן. הצורה התקנית בימינו היא שִׁיפוֹן בפ"א רפה. כך קבע כבר ועד הלשון ב'ילקוט צמחים' שפרסם בשנת תר"ץ (1930), וכך נקבע מחדש בשמות צמחי ארץ ישראל של הוועדה לבוטניקה בשנת תשס"ג (2003).
שם הדגן שיפון מוכר כבר מספרות חז"ל, כגון "חמשה דברים חייבים בחלה: החטים והשעורים והכוסמין ושבולת שועל ושיפון" (משנה חלה א, א). בכתבי היד של המשנה המילה כתובה ביו"ד והפ"א רפה: שִׁיפוֹן. הגיית השם במסורת תימן תומכת אף היא בניקוד זה. עם זאת במסורות אשכנז וספרד ההגייה היא בפ"א דגושה – שִׁפּוֹן.
לשם הדגן שיפון מקבילות בשפות שמיות אחרות: ארמית, ערבית ופניקית. יש הקושרים לכאן גם את המילה היוונית המאוחרת siphon או siphonion, וייתכן שמילה זו הגיעה אל היוונית מן הפניקית. ביוונית המילה מציינת שיבולת שועל, ולפיכך ייתכן שהשיפון הנזכר במקורות הוא הדגן המוכר לנו כשיבולת שועל. גם המקבילה הערבית شُوفَان (שׁוּפַאן) פירושה שיבולת שועל.
אשר לשם הבד שִׁיפוֹן – שם זה נשאל ללשוננו בעת החדשה. מקורו במילה הצרפתית chiffon, ומכאן שהגייתו בפ"א רפה.